1、資金的需求者不同。在我國，債券中小企業融資中政府債券佔有很大的比重，信貸中小企業融資中企業則是最主要的需求者。
2、資金的供給者不同。政府和企業通過發行債券吸收資金的管道較多，如個人、企業與金融機構、機關團體事業單位等，而信貸中小企業融資的提供者，主要是商業銀行。
3、中小企業融資成本不同。在各類債券中，政府債券的資信度通常最高，大企業、大金融機構也具有較高的資信度，而中小企業的資信度一般較差，因而，政府債券的利率在各類債券中往往最低，籌資成本最大。與商業銀行存款利率相比，債券發行者為吸引社會閒散資金，其債券利率通常要高於同期的銀行存款利率；與商業銀行貸款利率相比，資信度較高的政府債券和大企業、大金融機構債券的利率一般要低於同期貸款利率，而資信度較低的中小企業債券的利率則可能要高於同期貸款利率。此外，有些企業還發行可轉換債券，該種債券可根據一定的條件轉換成公司股票，靈活性較大，所以公司能以較低的利率售出，而且，可轉換債券一旦轉換成股票後，即變成企業的資本金，企業無需償還。
4、信貸中小企業融資比債券中小企業融資更加迅速方便。例如，我國企業發行債券通常需要經過向有關管理機構申請報批等程式，同時還要做一些印刷、宣傳等準備工作，而申請信貸可由借貸雙方直接協商而定，手續相對簡便得多。通過銀行信貸中小企業融資要比通過發行債券中小企業融資所需的時間更短，可以較迅速地獲得所需的資金。
5、中小企業融資的期限結構和中小企業融資上有差別。一般來說不願意提供巨額的長期貸款，中小企業融資以中短期資金為主。在國外，當企業財務狀況不佳、負債率過高時，貸款利率較高，甚至根本得不到貸款。因此，企業選擇股票中小企業融資更加穩定，中小企業融資期限更長。
6、對資金使用的限制不同。企業通過發行債券籌集的資金，一般可以自由使用，不受債權人的具體限制，而信貸融資通常有許多限制性條款，如限制資金的使用範圍、限制借入其他債務、要求保持一定的流動比率和資產負債率等。
7、在抵押擔保條件上也有一些差別。一般來說，政府債券、金融債券以及信用良好的企業債券大多沒有擔保，而信貸中小企業融資大都需要財產擔保，或者由第三方擔保。
